استحدث فرع الامراض وامراض الدواجن عام 2007  ، وهو علم يهتم بدراسة  الأمراض هو تخصص يتعلق بدراسة الأنسجة الحيوانية المريضة على عكس علم الأمراض السريري الذي يهتم بدراسة سوائل الجسم والخلايا الفردية ، بما في ذلك الدم. 
علم الأمراض التشريحي أساسي لفهم اسباب والمرض السريري وتطور المرض وعلاجه. ويضم الفرع اساتذة متخصصين بعلم الامراض والذين يقومون بتدريس مادة النظري والعملي لعلم الامراض للطلبة .

بالاضافة الى امراض الدواجن Poultry Diseases. امراض الدواجن هو علم دراسة توزيع ومقومات المرض (معدي وغير معدي) ومعدل تكراره في الدواجن. وتشمل الأمراض المعدية: أمراض بكتيرية, أمراض فيروسية,  أمراض فطرية و أمراض طفيلية (طفيليات الاوالي مثل الكوكسيديا, ويشمل الديدان والطفيليات الخارجية ). اما الأمراض غير معدية: تشمل أمراض نقص الغذاء مثل نقص (الكالسيوم أو الماغنسيوم), الأمراض الوراثية بالاضافه الى دراسه أمراض التسمم الكيميائي.
  امراض الاسماك Fish Disease ويتم تدريس الطلبه في هذه الماده على تربية وتغذية و مختلف أمراض الأسماك من حيث مسبباتها وأنواعها وشدتها (الأمراض ناجمة عن عدوى بكتيرية أو فيروسية أو حتى فطرية) وكذالك التعريف على طفيليات الأسماك بالاضافه الى الهلاكات التي تنجم عن تلوث الماء أو الغذاء بالنفايات المدن والملوثات الصناعية .

                                   رئيس الفرع 

                      أ.د. احمد سامي جراد