تم استحداث فرع الاحياء المجهرية في بداية افتتاح كلية الطب البيطري في 2006 حيث يمثل احد الركائز العلمية المهمة لهذه الكلية ، اهم واجبات الفرع هو تقديم المادة العلمية للدراسة الاولية لطلبة كلية الطب البيطري النظرية والعملية الخاصة بالمواد الدراسية ضمن الفرع ومايتعلق بمسببات الامراض كالجراثيم والفايروسات والفطريات وعلم المناعة وطرق الكشف عن هذه المسببات وتشخيصها وعزلها 

دروس الفرع : علم الاحياء المجهرية العام علم الاحياء المجهرية الخاص علم المناعة علم الفايروسات البيطرية

مختبرات الفرع : مختبر الاحياء المجهرية ويتم تدريس مواد الفرع جميعها في هذا المختبر وتشمل مادة الاحياء المجهرية العملي ومادة المناعة العملي ومادة الفايروسات العملي​​​​​​​.

                رئيس الفرع 

       أ.م.د. هديل محمد فياض 

​​​​​​​​​